Отдел дендрологии и цветоводства

• Лаборатория дендрологии
  
• Лаборатория цветоводства

  Отдел мобилизации растительных ресурсов

• Лаборатория малораспространенных пищевых и лиановидных растений
  
• Лаборатория новых и малораспространенных кормовых растений
  
• Лаборатория ускоренных методов размножения растений
  
• Лаборатория фитохимической оценки растительного сырья

  Отдел флоры

• Лаборатория природной флоры
  
• Лаборатория тропической и субтропической флоры.
  
• Гербарий и семенная лаборатория Донецкого ботанического сада НАН Украины
  

  Отдел популяционной генетики

• Лаборатория популяционной генетики
  
• Лаборатория защиты растений

  Отдел фитоэкологии